文利刃君
　　IDziyuanliren666
　　全文共3928字，推荐阅读时间10分钟。
　　Autodock是一款开源的分子模拟软件，最主要应用于执行配体蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护，官方网址是http：autodock。scripps。edu，目前最新的版本是AutoDock4。2。6，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为http：autodock。scripps。edudownloadsautodockregistrationautodock42downloadpage，包括Linux、MacOS和Windows版本以及源代码。
　　AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1。5。6，下载地址为http：mgltools。scripps。edudownloads。
　　这里利刃君为大家带来Windows的软件安装程序，可由文末获取。其他版本大家可以复制上面的链接进行下载。半柔性对接教程
　　本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体，晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载，以其原配体OOJ为分子对接的配体，进行半柔性对接（对接受体蛋白设为刚性，对接配体小分子设为柔性）。
　　可以使用pymol，VMD，Schrodinger，DS等软件，将蛋白晶体结构中的配体抽离出来，保存为Lig。mol2文件用于分子对接；
　　可以使用pymol，VMD，Schrodinger，DS等软件将晶体结构6PL1中的水分子和原配体删除，保存为protein。pdb文件作为分子对接的受体。
　　下图中为处理好的蛋白晶体结构与配体结构。
　　壹设置工作目录及工作环境
　　首先我们需要新建一个文件夹，设置该文件夹为我们的工作目录，此后所有分子对接产生的文件均默认保存在该文件夹中，方便我们进行查看。
　　注：该文件夹所有路径均要求为英文，不能出现中文和特殊字符。
　　利刃君这里在E盘新建文件夹6PL1，随后将下载好的autogrid4，autodock4程序以及6pl1。pdb，Lig。mol2两个文件拷贝到此文件夹下。
　　运行AutoDockTool程序，选择File

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