mirna靶基因分析（常用microRNA靶基因预测工具）

　　mirna靶基因分析（常用microRNA靶基因预测工具）
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　　miRNA才是科研的新手之友。
　　MicroRNA研究是一直国内外研究的热点领域，每年都有大量的microRNA相关文章发表或相关基金申请，而microRNA功能研究最重要的是其靶基因的确认，荷叶今天给大家介绍一些常见的microRNA靶基因预测工具。
　　1hrTargetScan
　　网址：新版
　　http：www。targetscan。orgvert72
　　老版
　　http：www。targetscan。orgmamm31
　　TargetScan用起来很简单方便，输入基因名能查出某个基因3’UTR可能的作用多个microRNA。最新版的TargetScan还人性化的列出目前发现的多种3’UTR。输入microRNA名则能查出某个microRNA可能作用的多种靶基因。
　　图1TargetScan网站中查找目标基因的候选miRNA
　　图2TargetScan网站中查找目标miRNA的候选靶基因
　　2hrmiRcode
　　网址：
　　http：www。mircode。orgindex。php
　　miRcode与TargetScan相比，主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。
　　图3miRcodemiRNA靶基因预测包括ncRNA
　　3hrmiRDB
　　网址：
　　http：www。mirdb。orgcgibinsearch。cgi
　　miRDB比TargetScan功能更多，除了检索3’UTR区外，还能搜索编码区和5’UTR区，以及对给定序列进行匹配。
　　图4miRDB预测靶基因或查找候选miRNA
　　图5miRDB能对给定序列或非3’UTR进行筛选
　　4hrRNA22
　　网址：
　　https：cm。jefferson。edudatatoolsdownloadsrna22fullsetsofpredictions
　　RNA22与miRDB类似，能预测miRNA的靶基因，预测mRNA、LincRNA、LncRNA的候选作用miRNA（RNA22visualizationtool）。此外，其在线预测特定基因序列和特定miRNA序列的作用位点的功能强大（RNA22dynamicpredictiontool）。
　　图6RNA22预测miRNA靶基因
　　图7RNA22预测miRNA和特定候选序列的结合位点
　　5hr其他预测工具
　　microrna。org
　　网址：
　　http：www。microrna。orgmicrornahome。do
　　PicTar
　　网址：
　　https：pictar。mdcberlin。de
　　PITA
　　网址：
　　https：genie。weizmann。ac。ilpubsmir07mir07dyndata。html
　　6hr基于实验数据的miRNA靶基因库
　　starBase
　　网址：
　　http：starbase。sysu。edu。cn
　　starBase收集了基于AgoSeq数据的miRNA与mRNA、多种ncRNA的相互作用结果。很有意义的是以散点图和直方图绘制来了多种肿瘤中miRNA与靶基因的表达水平。
　　图8starBase数据库
　　图9starBase分析了miRNA和靶基因在肿瘤中的表达
　　miRTarBase
　　网址：
　　http：mirtarbase。mbc。nctu。edu。twphpindex。php
　　图10miRTarBase收录已检测过的miRTarget数据
　　TarBase
　　网址：
　　http：carolina。imis。athenainnovation。grdianatoolswebindex。php？rtarbasev82Findex
　　图11TarBase数据库
　　这些数据库收录各种手段检测过的miRTarget数据，研究者可以查看靶基因是否已经被研究过或者研究的程度等等。
　　MiRNA靶基因预测常需要多种预测工具，希望荷叶介绍的工具对你做米RNA研究有所帮助。
　　END
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