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质粒图谱(一分钟教你读懂质粒图谱!)

3月19日 牵手手投稿
  质粒图谱(一分钟教你读懂质粒图谱!)
  质粒图谱为质粒DNA序列的物理图谱,提供了包括质粒的大小、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息,为我们选择质粒、了解质粒特点及应用提供了重要依据。对于初学者来说改如何去阅读质粒图谱呢?今天来给大家讲解一下如何阅读质粒图谱,底部还有质粒、酶切切点选择的相关教学视频。
  质粒的组成要素有哪些
  复制起始位点:Ori即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
  抗生素抗性基因:可以便于加以检测,如Amp,Kan。
  多克隆位点MCS:克隆携带外源基因片段。
  PE启动子增强子
  Terms终止信号
  加poly(A)信号:可以起到稳定mRNA作用
  如何阅读质粒图谱
  第一步:首先看Ori的位置,了解质粒的类型(原核真核穿梭质粒)。
  第二步:再看筛选标记,如抗性,决定使用什么筛选标记。
  Ampr水解内酰胺环,解除氨苄的毒性。
  tetr可以阻止四环素进入细胞。
  camr生成氯霉素羟乙酰基衍生物,使之失去毒性。
  neor(kanr)氨基糖苷磷酸转移酶使G418(长那霉素衍生物)失活。
  hygr使潮霉素失活。
  第三步:看多克隆位点(MCS)。
  它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入,会导致某种标志基因的失活,而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
  第四步:再看外源DNA插入片段大小。
  质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说,外源DNA片段越长,越难插入,越不稳定,转化效率越低。
  第五步:是否含有表达系统元件,即启动子核糖体结合位点克隆位点转录终止信号。
  这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体,还是要以实验目的为准绳。
  启动子核糖体结合位点克隆位点转录终止信号
  启动子促进DNA转录的DNA顺序,这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游,是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位,但启动子本身不被转录。
  增强子沉默子为真核基因组(包括真核病毒基因组)中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。沉默子负增强子,负调控序列。
  核糖体结合位点起始密码SD序列(RbsAGUSDs):mRNA有核糖体的两个结合位点,对于原核而言是AUG(起始密码)和SD序列。
  转录终止顺序(终止子)翻译终止密码子:结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列,此位点downstream有一段GT或T富丰区,这2部分共同构成poly(A)加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列,此位点downstream有一段GT或T富丰区,这2部分共同构成poly(A)加尾信号。
  第六步:质粒图谱上的箭头。
  有的箭头顺时针有的箭头逆时针,那其实是代表两条DNA链,即质粒是环状双链DNA,它的启动子等在其中一条链上,而它的抗性基因在另一条链上。
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