食品微生物是与食品有关的微生物，包括：生产型食品微生物（醋酸杆菌，酵母菌等）和是食物变质（霉菌，细菌等）和食源性病原微生物（大肠杆菌，肉毒杆菌等）。
　　食品微生物与人类关系紧密，对食品微生物的了解、利用和防治在很早以前就有很大的进展了。研究食品微生物的性状及其与食品相互关系的科学称为食品微生物学。它是一门由医学、农业、工业的微生物学中与食品生产有关的部分相互融合而成的一门学科。食品微生物包括3大类。通过它的作用，可生产出各种饮料、酒、醋、酱油、味精、馒头和面包等发酵食品。是引起食品变质败坏的微生物。又称食源性病原微生物，包括能引起人们食物中毒和使人、动植物感染而发生传染病的病原微生物。
　　人类对食品微生物的利用起源很早。远在公元前16前11世纪，中国就会利用微生物酿酒。1857年，微生物学家L。巴斯德证实酒精的发酵过程由酵母引起，并经长期研究，奠定了微生物学的基础，解决了当时法国由于酒的变质给酿造业带来的重大损失问题，开创了巴斯德灭菌法（现称巴氏灭菌法）。这种灭菌方法至今仍应用于酒、醋、酱油、牛奶、果汁等食品的灭菌。20世纪以来，由于电子显微镜的发明，生物化学和化学分析技术等学科的发展，促进了微生物学从细胞水平、亚细胞水平进入分子水平。尤其是70年代遗传工程科学的发展，有力地推动了食品微生物学的发展。通过诱变、细胞融合等技术，选育出高产的发酵食品微生物优良菌株，可提高产量，改变食品工业的面貌。
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