柱状图肿瘤某一指标的比较和GSVA结果展示

　　尔云间一个专门做科研的团队
　　原创小果生信果
　　本篇将介绍如何利用ggplot2绘制柱状图以清楚地展示各肿瘤某一指标的比较（如肿瘤缓解率）和GSVA分析结果。
　　1肿瘤缓解率结果展示
　　首先启动程序包
　　library（ggplot2）
　　然后读取数据
　　dfread。csv（easyinput1。csv）
　　数据结构如下图，为2列。第一列为不同癌症，第二列为score
　　按照score排序，并画图：dfdf〔order（dfscore，decreasingT），〕dfindexseq（1，nrow（df））pggplot（df，aes（xindex，yscore，fillID））geombar（statidentity，width0。8）scalefillbrewer（typeQualitative，palettePaired）bar的颜色scaleycontinuous（breaksseq（100，100，10），y轴刻度expandc（0，0））上下都不留空scalexdiscrete（expandexpandscale（multc（0。01，0）））左边留空，右边到头画3条横线geomhline（yinterceptc（30，0，20），linetype5，画虚线size0。3）线的粗细其他主题labs（x，yMaximumChangeinTumorSize（），titleAMaximumChangeinTumorSize，AccordingtoTumorType）themebw（）去除背景色theme（panel。gridelementblank（））去除网格线theme（panel。borderelementblank（））去除外层边框theme（axis。lineelementline（colourblack））沿坐标轴显示直线theme（axis。line。xelementblank（），axis。ticks。xelementblank（），axis。text。xelementblank（））去除x轴图例guides（fillguidelegend（ncol5，titleNULL））图例分5列scalesize（rangec（5，20））theme（legend。backgroundelementblank（），移除整体边框图例的左下角置于绘图区域的左下角legend。positionc（0，0），legend。justificationc（0，0））改用下面这行，图例就会位于顶部legend。positiontop）
　　由于Cancer12值很高，使得图片右侧很空。对其进行修改，让y轴适合大部分数据，然后在最高的那个bar上标出实际数据。设置坐标轴范围，最大值设为50，以适应大多数数据Ppcoordcartesian（ylimc（90，50））y轴范围，根据实际情况调整添加数据标签geomtext（datasubset（df，score50），aes（index，48，labelround（score）））在超过50的bar上标出实际数据geomtext（datasubset（df，index3），aes（index，score1，label））作者的特殊标记geomtext（datasubset（df，indexnrow（df）），aes（index，score3，labelT））作者的特殊标记
　　2GSVA结果展示
　　2。1score绝对值小于阈值的bar显示为灰色
　　输入数据，包含两列：ID和score
　　dfread。csv（easyinput2。csv）
　　按照score的值分组
　　dfgroupcut（dfscore，breaksc（Inf，4，4，Inf），labelsc（1，2，3））
　　按照score排序
　　dfdf〔order（dfscore，decreasingF），〕
　　dfindexseq（1，nrow（df））
　　开始画图：ggplot（df，aes（xindex，yscore，fillgroup））geombar（statidentity，width0。8）scalefillmanual（valuesc（palegreen3，snow3，dodgerblue4））bar的颜色scalexdiscrete（expandexpandscale（add。6））scaleycontinuous（breaksseq（30，20，5））coordflip（）坐标轴互换画2条横线geomhline（yinterceptc（4，4），colorwhite，linetype2，画虚线size0。3）线的粗细写labelgeomtext（datasubset（df，score0），aes（xindex，y0，labelpaste0（ID，），colorgroup），bar跟坐标轴间留出间隙size3，字的大小hjustinward）字的对齐方式geomtext（datasubset（df，score0），aes（xindex，y0，labelpaste0（，ID），colorgroup），size3，hjustoutward）scalecolourmanual（valuesc（black，snow3，black））其他主题labs（x，ytvalueofGSVAscore，tumorversusnonmalignant，titleEndothelialcells，tumourversusnonmalignant）themebw（）去除背景色theme（panel。gridelementblank（））去除网格线theme（panel。borderelementrect（size0。6））边框粗细theme（axis。line。yelementblank（），axis。ticks。yelementblank（），axis。text。yelementblank（））去除y轴guides（fillFALSE，colorFALSE）不显示图例
　　2。2pvalue0。05的bar显示为灰色
　　输入数据，包含三列，ID、score和pvalue
　　dfread。csv（easyinput3。csv）
　　按照pvalue分组
　　dfp。groupcut（dfpval，breaksc（Inf，0。05，Inf），labelsc（1，0））
　　按照score分组
　　dfs。groupcut（dfscore，breaksc（Inf，0，Inf），labelsc（0，1））
　　合并
　　dfps。grouppaste0（dfp。group，dfs。group）
　　根据pvalue和score分为3组
　　dfgroupifelse（dfps。group10，1，ifelse（dfps。group11，2，3））
　　按照score排序
　　dfdf〔order（dfscore，decreasingF），〕
　　dfindexseq（1，nrow（df））
　　开始画图：
　　只调整了颜色顺序，其余跟2。1的画图代码是一样的scalefillmanual（valuesc（palegreen3，dodgerblue4，snow3））颜色
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