上海公卫最新数据3。03住院患者为重症，其中超88有并发症

　　近日，上海交通大学医学院附属瑞金医院陈赛娟院士团队与上海市公共卫生临床中心范小红团队在FrontiersofMedicine发表研究论文，分析了当前境内流行的奥密克戎亚型种类，重症危重症患者在感染者及住院患者中的比例，并用数学建模对疫情走向进行模拟预测。
　　研究依据公开数据估计，全国自疫情出现以来重症患者占总感染者的比例约为0。035。在上海市公共卫生中心2022年9月1日到12月26日收治的5706名患者中，共发现20名（0。35）无并发症、153名（2。68）有并发症的患者进展为重症或危重症。
　　研究通过数学建模分析，预计国内主要城市（如北京、广州、上海、重庆）将会在2022年末度过本轮疫情高峰，中西部省份和农村地区预计在2023年1月中下旬经受疫情的冲击。
　　论文截图
　　以下为该论文结果编译，部分内容有删减。
　　一、2022年秋冬季上海地区新冠病毒基因组测序与分子流行病学分析
　　本研究从2022年11月16日至12月12日期间上海市公共卫生临床中心（以下简称公卫中心）收治的新冠患者鼻咽喉拭子样本中随机抽取378份进行靶向全基因组测序，经过与GISAID数据库对比，其中353个样本被分入四个主要亚系：
　　BA。5。2（172，46。61），BA。5。3（118，31。98），BA。2。75（36，9。76），重组变异株亚系（27，7。32）。在每种主要亚系中，有12个亚型占比突出，例如BA。5。3亚系中的BQ。1（112118，94。92），BA。5。2亚系中的BF。7（43172，25）、重组变异株亚系中的XBB（2527，92。59）等。
　　为了推断病毒传播的来源，对369个基因组序列样本对应的患者进行旅行史和近期感染接触史调查，然后对可能的病毒来源的地理分布情况进行分析。结果显示，94的BQ。1（105112）和96的XBB（2425）病例来自中国大陆以外地区，考虑到BQ。1和XBB是最近在欧洲和北美新出现的病毒变异株，在境外输入病例中又高频出现，因此推测这两个毒株可能最近通过境外输入传入上海。
　　此外，对可追溯到具体城市的病例中包含的毒株分析，发现北京和广州的病例分别以BF。7和BA。5。2为主。而来自河北或上海的病例显示出较为明显的奥密克戎亚系多样性，例如上海本地病例中包含较高丰度的BF。7、BA。5。2、BQ。1和XBB等亚系毒株，而河北病例中主要包含BF。7、BA。5。2等亚系毒株。这些结果印证了最近的推测，即引起北京和广州新冠肺炎病毒感染爆发的主要毒株分别是BF。7和BA。5。2；同时表明，河北和上海两地的疫情是由多种奥密克戎毒株同时流行造成。
　　2022年秋冬季上海地区奥密克戎基因组多样性和分子流行病学分析。（A）2022年11月上海地区感染者随机抽样进行病毒基因组测序，与GISAID数据库新冠病毒参考基因组构建分子进化树，鉴定近期上海地区感染者携带的毒株谱系和类型。（B）每个毒株对应的样本数量和比例。（C）主要毒株的来源分布。（D）不同地区来源样本中各种毒株的比例。
　　二、2022年秋冬季新冠病毒患者重症比例分析
　　在2022年11月前，国内采用社区常规核酸检测来筛查新冠病毒感染病例，因此能够较为准确地统计所有新冠病毒感染者人数。2022秋冬季部分地区调整防控措施以来，根据国家卫生健康委员会发布的数据，全国新冠病毒感染率迅速上升，伴随重症危重症患者病例总数逐渐增加。截至2022年11月29日，在所有感染者中，重症危重症患者总占比为0。035（注：一般重症危重症的症状在感染后一到两周才表现出来，因此重症危重症患者比例需要根据持续监测公共卫生记录来评估）。
　　2022年秋冬季新冠病毒感染者重症比例分析。（A）截至2022年11月29日公布的中国大陆感染人数和重症患者人数。（B）上海公卫中心收治的患者按症状严重程度分布图。
　　由于防控措施调整之后，常规核酸检测仅限于医院、养老院和妇幼保健院，因此无症状病例的数量不再明确。为了估计医院就诊病例中的重症危重症例占比，我们回顾了2022年9月1日12月26日上海公卫中心收治的5706例有症状患者，根据新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第九版）按其症状严重程度分为轻型普通型，以及重症危重症两组。
　　结果显示，这些患者中共有5533例患者（96。97）归为轻型普通型，另外173例患者（3。03）归为重症危重症。在这173例重症危重症患者中，153例患者有能被新冠病毒感染恶化的并发症，这表明当前疫情中出现症状的新冠病毒感染者中，有并发症和无并发症的重症危重症患者占比分别为2。68和0。35。
　　此外，在这些患者中，疾病的严重程度和年龄显著相关（P0。0001）：无并发症的重症危重症病例中位年龄为66岁（区间：5579岁），有并发症且进展为重症危重症的患者中位年龄为59岁（区间：4673岁），轻型普通型患者中位年龄为39岁（区间：2853岁）。
　　2022年秋冬季上海公卫中心收治的新冠患者临床特征分析
　　三、利用数学模型评估奥密克戎疫情走向
　　为了评估目前奥密克戎疫情的规模和持续时间，我们基于2022年10月初至常规核酸检测全面解除（2022年11月29日）之前的每日新增感染人数和累计人数进行数学建模。为此，我们利用时滞微分方程来拟合奥密克戎在中国几个主要城市（如北京、上海、广州、重庆）和内陆几个省份（如甘肃、青海、陕西、四川）的早期数据（注：在选择省份时排除其省会城市，以便分析农村和中小型城镇的情况），然后通过数据拟合得到的数学公式来预测未来一段时间的新增感染人数和总人数。
　　结果显示，不同城市间R0值（传播系数乘以检测时间）各异。例如，北京R0值最大（约为2。18）；其次为上海（约为1。91）；最小为重庆郊区（约为0。91）。同时，结果还提示广州已经度过了最近的感染高峰期，而北京、上海、重庆市区尚处于感染高峰的中间段，预计2022年年底度过高峰期。此外，数学模型显示本轮疫情将逐步蔓延至中西部省份，且疫情高峰经过四川的时间略早于陕西、甘肃和青海等地。根据在重庆不同区域近期的病例报告，对城市和郊区的传播趋势分别进行了建模分析，用于近似比较疫情在城市和农村中的扩散模式。
　　结果提示，重庆郊区感染高峰预计2023年2月到来，比重庆市区的感染高峰晚近1个月。春节（2023年1月21日）前后因农民工返乡将带来从城市返回农村地区的人员流动高峰，为了评估这种影响，我们在数学模型中调低重庆郊区的参数以模拟春节期间的人员流动，结果显示，春运不仅将极大增加感染人数，而且可能造成农村地区的感染高峰提前1530天。
　　2022年秋冬季疫情走向数学模型。当前疫情期间国内主要城市和中西部省市的总感染人数（A）和每日新增感染人数的（B）变化趋势及预测。（注：重庆市区和郊区感染趋势分别构建数学模型，用于近似模拟城市与农村的疫情走向。）
　　讨论
　　本研究对上海公共卫生中心于2022年11月15日至12月15日期间随机收集的378例感染者样本进行病毒全基因组测序，获得369个高质量病毒全长基因组数据，用以评估此轮疫情中的病毒谱系多样性，结果提示当前上海疫情有多种奥密克戎流行，尚未发现新的新冠病毒变异株或主流毒株。
　　值得一提的是，此次上海秋冬季疫情中的流行毒株多样性与今年（2022年）春季奥密克戎流行的情况显著不同。此前我们利用基因组测序发现春季疫情爆发期间的感染者都携带奥密克戎BA。2。2。1亚系中的BA。2。2。1亚型毒株。在传入上海之前，BA。2。2。1在GISAID数据库中显示只在上海以外地区零星出现，因此我们推测，上海春季疫情出现之后政府采取的严格防控措施阻断了除BA。2。2。1之外的其他毒株在上海社区传播。而当前疫情出现的多种毒株共存的情况，可以归结于防控措施调整的结果。
　　从本研究包括的基因组数据来看，目前尚未在上海地区发现新的奥密克戎毒株或具有显著竞争优势的毒株。此后随着疫情发展是否会出现主导疫情走向的优势毒株，以及是否会出现新的高传染性或毒性的毒株也需要持续监测。
　　为了对近期疫情发展趋势进行评估和预测，我们基于此前常规核酸检测的感染者数据，建立模拟感染者人数变化曲线的数学模型，初步判断：广州已经度过此轮疫情高峰期，而北京、上海、重庆等城市将于2023年元旦前后达峰，之后疫情将扩散至中西部省市和农村。
　　另外，基于重庆市主城区和郊区数据的数学模拟分析，并对模型中的u参数予以调整来模拟春运期间人口流动变化，结果显示：相对于城区，疫情峰值在郊区有可能延后24个星期，且其感染峰值将在春运期间因人员流动造成疫情扩散加速和增强。
　　值得注意的是，本研究中的数据模型着重于所选地区8085人口感染的情况，同时传染高峰过后的每日新增人数下降期也未纳入数学模型，故本研究仅限于评估当前所选城市和地区正在或即将经历的一波疫情。此外，真实世界情况较之数学模型更为复杂，例如中国香港、台湾地区，以及日本等国家均经历了多轮疫情；感染者体内产生的中和抗体水平将随着时间的变化逐渐降低，从而导致再次感染风险升高。因此，需要持续跟踪疫情实际发展，定期评估社区流行的毒株和感染人数。
　　随着奥密克戎亚株迅速传播，在接下来的几个星期甚至几个月里，国内欠发达地区老年人和有基础疾病人群发展成重症的风险增高。鉴于当前一些地区特别是农村在本波疫情初期即出现了药品供应和重症监护病床（ICU）服务不足的情况，此点尤其令人担忧。
　　为了评估感染人群中ICU床位的需求，我们依据公开信息，对此波疫情截至2022年11月29日的感染者总数变化情况进行分析，发现累积粗重症危重症比例达0。035。因此，假设国内50人口（约7亿人）在短时间内（如46个星期）被感染，那么需要配备20万25万张ICU病床。
　　此外，研究团队对2022年9月1日至2022年12月26日期间上海公卫中心收治的5706名有症状新冠病毒感染患者进行综合医学观察和诊断，共有173名患者（总占比3。03）进展成重症危重症。虽然研究组在写作论文时尚未收到死亡病例报告，但已有若干患者处于临终状态，提示像上海这样疫情仍处于爆发期的地方需要大量重症治疗资源。因此，就分类施治的风险沟通及公众教育对于应对当前挑战具有关键意义。
　　在城乡迅速建立起基于居家抗原检测的报告系统来收集新冠感染人群的信息至关重要。当前，需采取紧急措施，使得有症状的低风险人群（60岁以下全程接种人群）得到常规治疗，同时确保高风险人群（如60岁以上人群，特别是那些有基础疾病的老人，以及未全程接种疫苗的老人）得到有效药物如Paxlovid或VV116的及时治疗。
　　同时，应当继续精准使用好非药物性公共卫生措施，如在室内空间佩戴N95口罩、保持社交距离、公共交通工具适当增加班次以避免人群过于拥挤等，努力削减疫情峰值，缓解医疗系统和医务人员的沉重压力。要加速做好特异药品和对症治疗药品的储备和供应，以应对农村地区即将出现的疫情高峰，从而减少延误治疗造成的病情恶化及死亡。
　　此外，宜推广近期获批上市的吸入式疫苗以保护尚未被奥密克戎亚株感染的人群，而新的针对奥密克戎亚株如BA。4BA。5的疫苗则应尽快得到紧急使用授权，用于对医护人员和各类社会基本公共服务人员进行第四针的加强免疫接种。
　　最后，对于超额死亡病例，包括单纯新冠感染致死和伴随新冠感染死亡的病例进行记录十分关键，因为这些数据的时间线和精准性对于及时评估和预判疫情走势，确保循证决策至关重要。
　　来源：丁香医生
　　参考资料：doi。org10。1007s1168402209817