做试管婴儿的并发症并不多，简单说来有以下几点：
　　一、多胎妊娠
　　为了提高试管婴儿成功率，增加怀孕的机会，常常会使用促排卵药物来增加获卵的数目，使用促排卵药物可能增加怀孕的机会，但同时也可能增加多胞胎的几率。
　　多胎妊娠的危险性较单胞胎高，包括早产、子癫前症，及产后出血。怀孕早期如果有多胞胎，有些胎儿可能自动消失心跳；如果到怀孕10周后，仍有三胞胎或三胞胎以上，则要考虑减胎。
　　多胎妊娠的孕妇特别要注意预防早产的发生，孕妇应尽量多休息，并且注意是否有子宫收缩的现象。正常怀孕一天也会有几次宫缩，但如果一个小时有几次宫缩则表示频率太高，应考虑就诊及安胎治疗。如果有血压升高，水肿，体重急剧增加，尿液检测出现明显蛋白尿，则表示可能有子癫前症，需即时治疗，多胎子癫前症的概率较高。
　　二、卵巢过度刺激综合征
　　使用促排卵药物，尤其是针剂型，有些人会有卵泡成长过多的现象而发生卵巢过度刺激综合征（OHSS）。其症状包括腹胀、腹痛、尿量减少、呼吸很喘等。
　　主要原因为卵巢分泌某些物质使得血管的通透性增加，而造成水份，电解质，蛋白质等部分流出血管外，而堆积于腹腔、胸腔，形成腹水或肋膜积水。超声检查可发现腹腔内有大量液体，以及卵巢肿大。
　　就医时应告诉医生有使用促排卵药物，以免被误认为卵巢肿瘤。大部分患者在12周左右就会恢复，但严重者可能持续一个月甚至更久，尤其是在怀孕时，因为怀孕可能会使症状加剧。每天要有适当的小便量，如果症状较严重或小便量较少时需住院治疗，以减轻症状。
　　三、宫外孕
　　发生宫外孕的概率和自然怀孕的差不多，因此怀孕时，也要密切追踪怀孕情况，包括超声或抽血检查。宫外孕的症状为腹痛，阴道出血，腹部会有压痛及放开时的反弹痛；超声检查时子宫内看不到妊娠囊，有腹腔内的液体、血肿块，偶尔可见到输卵管有妊娠囊等。治疗方面以手术为主。
　　四、流产
　　经试管婴儿怀孕，发生流产的概率和自然怀孕的差不多，因年龄的不同约为1525。
　　早期怀孕如果发生阴道出血，称之为先兆性流产。有时如息肉等也会造成出血。有先兆性流产时应尽量卧床休息或使用保胎药物。大多数先兆性流产可治疗好，而不致于发生流产。但仍有一定概率会发生流产。发生流产的原因，大多是胚胎本身不正常，其中染色体异常占大部分。
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